يواجه الاتحاد العماني مشكلة حقيقية هذه الايام متمثلة في الديون التي وصلت الى مليوني ريال عماني ويواجه مشكلة أخرى مع شركة مسقط للرياضة الذي وقع اتفاقية مع الاتحاد العماني لكرة القدم عام 2006 والتي نصت على أنها ثلاث سنوات تبدأ من 4 يوليو2006م وتنتهي في 3 يوليو2009م على ان تقوم شركة مسقط للرياضة بتقديم الملابس والأدوات الرياضية للمباريات والتدريب والسفر والفندق من منتجات شركة لوتو الإيطالية ولمرة واحدة في السنة وذلك حسب الاصناف والكميات الموضحة في القوائم المرفقة بالاتفاقية بالمجان بكميات محددة للمنتخب الوطني الاول والمنتخب الأولمبي لكرة القدم على ان يلتزم الاتحاد العماني لكرة القدم بشراء احتياجات جميع المنتخبات الوطنية التابعة له من شركة مسقط للرياضة خلال مدة الاتفاقية ومن منتجات شركة لوتو تحديداً وبتخفيض خاص (30%) من قيمة البيع في معارض الشركة كما نص على أنه لا يحق لأى طرف آخر سواء كان فرداً أم شركة أو أية جهة أخرى تصنيع أو استيراد أو ترويج أو بيع الملابس والأدوات محل العقد (الاتفاقية) التي تحمل شعار اتحاد الكرة عليها إلا عن طريق مسقط للرياضة ومن خلالها.
والتزم الاتحاد العماني لكرة القدم بتنفيذ بنود الاتفاقية حتى ما قبل كأس الخليج التاسعة عشرة التي جرت في مسقط حيث تخلى عن ملابس الشركة وتوجه الى شركة أخرى مما أدى الي خلاف حول تخلي اتحاد الكرة عن هذه الاتفاقية.
وبالتالي اقامت شركة مسقط للرياضة دعوى قضائية تطالب فيه بالتعويض لفسخ اتفاقية رعاية المنتخب العماني والامور باتت سيئة في الاتحاد العماني لكرة القدم الذي ينشغل هذه الايام بهذه القضايا وبالتالي يتوقع النقاد ان يؤثر على مسيرة المنتخبات العمانية المنافسة في البطولات الآسيوية.